|本期目录/Table of Contents|

[1]叶春幸,丘国清,林缓卿,等.宏基因组二代测序肺结核及病原体特征分析[J].中华肺部疾病杂志,2024,(06):985-990.[doi:10.3877/cma.j.issn.1674-6902.2024.06.025
]
点击复制

宏基因组二代测序肺结核及病原体特征分析(PDF)

《中华肺部疾病杂志》[ISSN:1006-6977/CN:61-1281/TN]

卷:
期数:
2024年06期
页码:
985-990
栏目:
临床研究
出版日期:
2024-12-25

文章信息/Info

Title:
-
作者:
叶春幸; 丘国清; 林缓卿; 申 严; 陈思达; 赖育庭; 徐香琴
518116 深圳,深圳市龙岗中心医院呼吸与危重症医学科
Author(s):
-
关键词:
肺结核;  痰涂片镜检;  痰结核分枝杆菌培养;  宏基因组二代测序;  呼吸道微生物组成
Keywords:
-
分类号:
R562
DOI:
10.3877/cma.j.issn.1674-6902.2024.06.025
摘要:
目的 分析宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)对肺结核的诊断意义,及肺结核病原体特征和呼吸道微生物组成。方法 选择2022年2月至2023年12月我院收治的疑似肺结核患者55例,采集支气管肺泡灌洗液及痰液标本,比较痰结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis, MTB)培养、痰涂片镜检、mNGS检查诊断肺结核。利用生物信息学处理mNGS测序数据,分析病原体特征及呼吸道微生物组成。结果 55例疑似肺结核者中确诊阳性39例(70.91%),痰涂片镜检阳性29例(52.73%),mNGS检查阳性38例(69.09%)。mNGS检查灵敏度92.31%、准确度90.91%高于痰涂片镜检(P<0.05)。mNGS检查显示病原体100株,其中肺结核61株,包括细菌30株(49.18%)、病毒19株(31.15%)、真菌12株(19.67%); 非肺结核39株,包括病毒21株(53.85%)、细菌11株(28.21%)、真菌7株(17.95%)。肺结核病原体类型以细菌为主,包括结核分枝杆菌复合群、鲁兰德氏无色杆菌。非肺结核病原体类型以病毒为主,包括人类β疱疹病毒7型病原体。肺结核者与非肺结核者下呼吸道微生物组成差异显著。肺结核者主要病原体为结核分枝杆菌复合体,其次为流感嗜血杆菌、大肠杆菌和克雷伯菌等。非肺结核者微生物组成多样化,病毒病原体人类γ-疱疹病毒4、人类β-疱疹病毒7和人类β-疱疹病毒5相对丰度高。丰度差异分析显示,结核分枝杆菌在肺结核者中含量高于非肺结核者(P<0.001)。结论 宏基因组测序快速确定感染的病原体类型,分析呼吸道微生物组成,对肺结核诊断或其他呼吸道感染具有临床意义。
Abstract:
-

参考文献/References:

1 任成山, 林 辉, 杨仕明. 结核病的流行特征与耐多药的窘迫及其策略[J/CD]. 中华肺部疾病杂志(电子版), 2019, 12(3): 269-274.
2 Beviere M, Reissier S, Penven M, et al. The role of next-generation sequencing(NGS)in the management of tuberculosis: practical review for implementation in routine[J]. Pathogens, 2023, 12(8): 978.
3 陈淑芳, 李 晶, 王骏仁, 等. 宏基因组二代测序技术和Gene Xpert MTB/RIF对肺结核的诊断价值[J]. 临床医学进展, 2023, 13(12): 19093-19100.
4 李丹丹, 胡莎莎, 常晓青, 等. CT引导下经皮肺穿刺组织和支气管肺泡灌洗液宏基因组二代测序在肺部感染病原学诊断中的价值[J]. 中华实用诊断与治疗杂志, 2024, 38(3): 280-284.
5 李 杰, 王 兰, 刘澄英. 基于宏基因二代测序技术诊断肺部波氏假阿利什霉合并鸟分枝杆菌复合体感染1例[J]. 江苏医药, 2024, 50(1): 102-104.
6 Zhang Q, Bai JS, Liu JX, et al. T-SPOT.TB negative and diagnosed as interstitial pulmonary tuberculosis by NGS: a case report and literature review[J]. Clin Lab, 2023, 69(3): doi: 10.7754/Clin.Lab.2022.220704.
7 李 航, 金志贤, 韩 芳, 等. 宏基因组二代测序技术协助诊断支气管扩张, 慢阻肺重叠综合征合并肺结核1例病例报告[J]. 中国医学工程, 2022, 30(9): 134-136.
8 Yu G, Zhao W, Shen Y, et al. Metagenomic next generation sequencing for the diagnosis of tuberculosis meningitis: A systematic review and meta-analysis[J]. PLoS ONE, 2020, 15(12): e0243161.
9 赵 蕊, 邹 俊. 宏基因组二代测序技术在艾滋病合并肺诺卡菌病诊断中的应用(附1例报告)[J]. 老年医学研究, 2023, 4(1): 39-42.
10 Wang J, Ye J, Yang L, et al. Inconsistency analysis between metagenomic next-generation sequencing results of cerebrospinal fluid and clinical diagnosis with suspected central nervous system infection[J]. BMC Infectious Diseases, 2022, 22(1):1-14.
11 张 弦, 顾宇峰, 赵 华, 等. 宏基因组学二代测序在免疫功能受损不明原因肺部感染患者病原鉴别中的意义[J]. 交通医学, 2020, 34(3): 242-245.
12 刘媛媛, 李先池, 杨青茹, 等. 宏基因二代测序技术在痰菌阴性肺结核患者诊断中的临床价值[J]. 中国保健营养, 2020, 30(36): 69,71.
13 Yang W, Liu RX, Liu JX, et al. Organizing pneumonia with NGS false-positive imaging resembling tuberculosis: a case report[J]. Clin Lab, 2023, 69(4): doi: 10.7754/Clin.Lab.2022.220810.
14 池 云, 许传军, 方明霞, 等. 艾滋病合并播散性诺卡菌病一例[J]. 中华传染病杂志, 2020, 38(9): 588-590.
15 王淑玲, 李艳敏, 张 震, 等. 继发肺结核合并两株不同表型烟曲霉感染病例1例[J]. 中国真菌学杂志, 2022, 17(1): 44-48.
16 Sun WW, Dong ZW, Zhou HCL. Improving the identification and diagnostic efficiency of Metagenomic Next-Generation Sequencing for mycobacterial granuloma on postoperative formalin-fixed paraffin-embedded specimens[J]. Microb Infect, 2023, 25(8): 105185-105185.
17 李星虹, 唐 茜, 郭立娟, 等. 肺诺卡菌病误诊为慢性阻塞性肺疾病合并肺结核的原因剖析[J]. 临床误诊误治, 2022, 35(11): 1-4.
18 任 洁, 汤 荣, 杨 锴, 等. 新型冠状病毒感染继发诺卡菌病合并活动性肺结核一例并文献复习[J]. 中国呼吸与危重监护杂志, 2024, 23(7): 504-508.
19 Wentao L, Shuxia X, Guoxing Z, et al. Diagnosis of multiple tuberculous muscle abscesses in a patient with systemic lupus erythematosus by metagenomic next-generation sequencing- a case report and literature review[J]. BMC Infect Dis, 2024, 24(1): 1-7.
20 王 舜, 卢伟力, 卢 滔, 等. 肺出血型钩端螺旋体病误诊为肺结核临床分析[J]. 中华临床感染病杂志, 2021, 14(2): 146-149.
21 戴萌萌, 王雅怡, 李佩吉, 等. 基于PCA-GTWR模型的中国肺结核发病率影响因素时空异质性研究[J]. 中国基层医药, 2024, 31(5): 753-759.
22 刘家起, 孙德斌, 姜 婧, 等. 2000-2015年全球结核病患病率宏观影响因素分析[J]. 中国公共卫生管理, 2021, 37(2): 261-264.
23 王 春, 王彩英, 刘 丹. 宏基因组二代测序对肺结核的诊断价值[J]. 中华生物医学工程杂志, 2021, 27(5): 489-493.
24 王淑玲, 李艳敏, 张 震, 等. 继发肺结核合并两株不同表型烟曲霉感染病例1例[J]. 中国真菌学杂志, 2022, 17(1): 44-48.
25 马潇枭, 高宝安, 牟 干, 等. 利用宏基因组测序确诊肺结核及非结核分枝杆菌肺病各一例报道并文献复习[J]. 实用心脑肺血管病杂志, 2021, 29(1): 122-127.
26 Sun C, Zhou C, Wang L, et al. Clinical application of metagenomic next-generation sequencing for the diagnosis of suspected infection in adults: A cross-sectional study[J]. Medicine, 2024, 103(16): e37845-128.
27 Chen H, Yin Y, Gao H, et al. Clinical utility of in-house metagenomic next-generation sequencing for the diagnosis of lower respiratory tract infections and analysis of the host immune response[J]. Clin Infect Dis, 2020, 71(Supplement_4): S416-S426.
28 李红玲, 余思婕, 于媛媛. Xpert MTB/RIF联合宏基因组高通量测序对菌阴肺结核的诊断价值分析[J]. 中国现代医生, 2024, 62(12): 32-36.
29 孙雯雯, 顾 瑾, 范 琳. 宏基因组二代测序对不同类型结核病的诊断价值[J]. 中华结核和呼吸杂志, 2021, 44(2): 96-100.
30 李 倩, 邓彬彬, 高朋健, 等. mNGS在结核性胸膜炎诊断和耐药性评估中应用价值[J]. 湖南师范大学学报:医学版, 2021, 18(5): 87-92.
31 夏 晶, 吴德沛, 陈苏宁, 等. 宏基因二代测序技术在异基因造血干细胞移植后结核分枝杆菌感染中的应用[J]. 临床血液学杂志, 2024, 37(1): 41-45.
32 陈众众, 闵凌峰, 刘家昌. 应用宏基因二代测序技术诊断胞内分枝杆菌型NTM肺病一例并文献复习[J/CD]. 中华肺部疾病杂志(电子版), 2022, 15(3): 448-450.

备注/Memo

备注/Memo:
基金项目: 深圳市龙岗区医疗卫生科技计划项目[LGWJ2021-(13)]
通信作者: 申 严, Email: gujingnu@163.com
更新日期/Last Update: 2024-12-25